海底世界3d会突然出现接二连三的反常现象：人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵等等，这一桩桩怪事为何发生？答案竟和龙源纪的一道镇守令——龙的密令遗失相关！斗龙战士们将如何对抗这股来路不明的黑暗力量？他们将会面对怎样的重重磨难？人类世界能否回归和平？带着这一系列的疑问，斗龙战士们，开启新的旅程吧!